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Résumé Ici, nous présentons une avancée majeure de la méthode OrthoFinder. Cela étend l'inférence d'orthogroupe à haute précision d'OrthoFinder pour fournir une inférence phylogénétique des orthologues, des arbres généalogiques enracinés, des événements de duplication de gènes, l'arbre des espèces enraciné et des statistiques génomiques comparatives. Chaque sortie est évaluée sur des ensembles de données réels ou simulés appropriés et, lorsque des méthodes comparables existent, OrthoFinder est équivalent ou surpasse ces méthodes. De plus, OrthoFinder est la méthode d'inférence d'orthologues la plus précise sur le test de référence Quest for Orthologs. Enfin, l'analyse phylogénétique complète d'OrthoFinder est réalisée avec une vitesse et une évolutivité équivalentes aux méthodes heuristiques les plus rapides basées sur les scores. OrthoFinder est disponible sur https://github.com/davidemms/OrthoFinder.
Emms et al. (jeu,) ont étudié cette question.