Analyse génomique en open-source de Shiga-toxin–producing E. coli O104:H4

Une épidémie causée par Escherichia coli O104:H4 produisant la shiga-toxine a eu lieu en Allemagne en mai et juin 2011, infectant plus de 3000 personnes. Ici, nous rapportons un cluster de cas associés à une seule famille et décrivons une analyse génomique en open-source d'un isolat provenant d'un membre de la famille. Cette analyse a impliqué l'utilisation de la technologie de séquençage ADN rapide, un accès aux données en open-source et des analyses rapides par le biais de crowdsourcing. En moins d'une semaine, ces études ont révélé que la souche de l'épidémie appartenait à une lignée d'E. coli enteroaggregative qui avait acquis des gènes pour la shiga-toxine 2 et la résistance aux antibiotiques.