Trouver des similarités faibles entre les protéines par comparaison de profils de séquence

Pour améliorer la reconnaissance des similarités faibles entre les protéines, une méthode d'alignement de deux profils de séquence est proposée. Il est montré qu'explorer l'espace de séquence à proximité de la séquence dont les propriétés sont inconnues améliore significativement la performance des méthodes d'alignement de séquences. En accord avec les observations précédentes, la sensibilité de reconnaissance et la précision d'alignement obtenues par une méthode d'alignement profil-profil peuvent être jusqu'à 30 % plus élevées par rapport à la méthode d'alignement séquence-profil. Il est démontré que le choix de la fonction de score et la diversité du profil de test sont des facteurs très importants pour atteindre la performance maximale de la méthode, tandis que la plage optimale de ces paramètres dépend du niveau de similarité à reconnaître.