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Une analyse phylogénétique de tous les membres valablement publiés des Crenarchaeota, y compris plusieurs nouveaux isolats de notre laboratoire, suggère trois ordres au sein de ce royaume archéen. Les Thermoproteales consistent en des représentants à forme de bâtonnets, hyperthermophiles et neutrophiles de la famille des Thermoproteaceae ainsi que des membres de la nouvelle famille des Thermofilaceae. Les Sulfolobales abritent tous les organismes thermoacidophiles, coccoïdes. Les cocci neutrophiles et hyperthermophiles font partie d'un nouvel ordre provisoirement nommé "Igneococcales." Cet ordre comprend deux familles, les Desulfurococcaceae, caractérisées par une température de croissance maximale jusqu'à 100 degrés C, et la nouvelle famille des Pyrodictiaceae, pour laquelle la croissance optimale se produit à des températures supérieures à 100 degrés C.
Burggraf et al. (Tue,) ont étudié cette question.