Typage des génomes du virus de l'hépatite C par polymorphisme de longueur de fragment de restriction

Récemment, nous avons rapporté que le virus de l'hépatite C (VHC) peut être classé génétiquement en deux types, VHC-K1 et VHC-K2, qui présentent respectivement 67 % et 71 % d'identité au niveau des séquences nucléotidiques et des acides aminés dans une région de 340 pb qui code le motif Gly-Asp-Asp du gène NS5. Pour développer une méthode rapide de classification des génomes des isolats de VHC, nous avons identifié des polymorphismes de longueur de fragment de restriction (RFLP) dans les produits de la réaction de transcriptase inverse et de réaction en chaîne par polymérase codant une partie du gène NS5. AluI et AccII ont permis de classer le VHC en types K1 et K2, et Sau96I a permis la classification dans le type K1, ainsi que dans les sous-types K2a et K2b. Ces RFLP permettent également généralement de distinguer les isolats japonais du prototype (PT, un isolat des États-Unis), qui est de type K1. L'analyse de séquence des régions 5'-non traduites des isolats japonais a révélé une identité proche entre le type K1 et le PT, et une identité de 93 à 94 % entre les types K1 et K2, indiquant qu'il existe des RFLP spécifiques aux types K1 et K2 dans cette région. Nos résultats suggèrent que les séquences nucléotidiques des types K1 et K2 sont différentes tout au long du génome du VHC. L'incidence des types VHC K1, K2a et K2b, et PT dans 50 échantillons était respectivement de 74 %, 16 %, 8 % et 2 %.