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Les méthodes phylogéographiques visent à inférer les tendances de migration et l'histoire des lignées échantillonnées à partir de données génétiques. Les applications de la phylogéographie sont vastes et, dans le contexte des pathogènes, incluent la reconstruction des historiques de transmission et l'origine ainsi que l'émergence des épidémies. L'inférence phylogéographique basée sur des modèles de génétique des populations de bas en haut est coûteuse en calcul, et en conséquence, des alternatives plus rapides basées sur l'évolution de traits discrets ont gagné en popularité. Dans cet article, nous montrons que l'inférence des taux de migration et des emplacements des racines basée sur des modèles de traits discrets est extrêmement peu fiable et sensible à un échantillonnage biaisé. Pour remédier à ce problème, nous introduisons BASTA (BAyesian STructured coalescent Approximation), une nouvelle approche mise en œuvre dans BEAST2 qui combine la précision des méthodes basées sur la coalescence structurée avec l'efficacité computationnelle nécessaire pour traiter plus que quelques populations. Nous illustrons les implications potentiellement sévères d'un mauvais choix de modèle pour les analyses phylogéographiques en examinant la transmission zoonotique du virus Ebola. Bien que l'analyse de la coalescence structurée infère correctement que les épidémies successives chez l'homme ont été déclenchées par une grande population réservoir non humaine non échantillonnée, l'analyse des traits discrets conclut de manière peu plausible qu'une transmission humaine-humaine non détectée a permis au virus de persister au cours des quatre dernières décennies. Alors que la génomique prend un rôle de plus en plus proéminent dans l'information pour le contrôle et la prévention des maladies infectieuses, il sera vital que l'inférence phylogéographique fournisse des informations robustes sur l'historique de transmission.
Maio et al. (Mercredi) ont étudié cette question.