Estimation du nombre de clones de paludisme dans des échantillons de sang

Des méthodes sont dérivées pour estimer le nombre moyen de clones du parasite palustre haploïde Plasmodium falciparum à partir d'échantillons de sang d'hôtes infectés qui ont été testés pour la présence d'allèles aux loci de marqueurs. Par exemple, à un locus avec trois allèles, l'échantillon pourrait ne contenir que A1, ou A1 et A2, ou A1, A2 et A3, les classes d'allèles multiples étant plus fréquentes à des taux d'infection élevés. En supposant soit une distribution de Poisson soit une distribution binomiale négative du nombre d'infections par hôte, des formules sont dérivées pour la fréquence des différentes classes d'échantillons de sang, et des méthodes de vraisemblance maximale sont utilisées pour estimer le nombre moyen de clones et les fréquences alléliques. Deux ensembles de données, chacun sur deux loci, sont analysés. Un ensemble de données provenait de la même localité en Tanzanie d'où des oocystes du parasite dans des vecteurs de moustiques ont été testés pour la clonalité (c'est-à-dire des unions diploïdes de gamètes du même clone) en utilisant des marqueurs génétiques. Un bon accord a été obtenu entre la clonalité observée dans les oocystes et celle attendue d'après le nombre d'infections par hôte (moyenne d'environ trois).