Applications de l'InChI en chimiométrie avec le CDK et Bioclipse

Les algorithmes InChI sont écrits en C++ et ne sont pas disponibles en tant que bibliothèque Java. L'intégration dans des logiciels écrits en Java nécessite donc un pont entre les bibliothèques C et Java, fourni par la technologie Java Native Interface (JNI). Nous décrivons ici comment la bibliothèque InChI est utilisée dans l'interface Bioclipse et la bibliothèque de chimiométrie Chemistry Development Kit (CDK). Pour rendre cela possible, un pont JNI vers la bibliothèque InChI a été développé, JNI-InChI, permettant aux logiciels Java d'accéder aux algorithmes InChI. En utilisant ce pont, le projet CDK emballe les binaires InChI dans un module et offre un accès facile depuis Java en utilisant l'API CDK. Le projet Bioclipse emballe et propose InChI en tant que bundle OSGi dynamique qui peut facilement être utilisé par tout logiciel conforme à OSGi, en plus des bundles Java Archive et Maven classiques. Bioclipse lui-même utilise l'InChI comme un composant clé et le calcule à la volée lors de la visualisation et de l'édition des structures chimiques. Nous démontrons l'utilité de l'InChI avec diverses applications dans le CDK et Bioclipse, telles que le soutien à la décision pour l'évaluation de la responsabilité chimique, la génération de tautomères et l'agrégation des connaissances en utilisant une approche de données liées. Ces résultats montrent que la bibliothèque InChI peut être utilisée dans une variété de solutions de dépendance de bibliothèque Java, rendant la fonctionnalité facilement accessible par des logiciels Java, comme dans le CDK. Les applications montrent diverses manières dont l'InChI a été utilisé dans Bioclipse, pour enrichir sa fonctionnalité.