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La conception informatique des interactions protéine-protéine avec une haute affinité et une orientation désirée est une tâche difficile. L'incorporation de sites de liaison métallique à l'interface cible peut être une approche pour augmenter l'affinité et spécifier le mode de liaison, améliorant ainsi la robustesse des interactions conçues pour être utilisées comme outils dans la recherche fondamentale ainsi que dans des applications allant de la biotechnologie à la médecine. Ici, nous décrivons une approche basée sur Rosetta pour la conception rationnelle d'un monomère protéique formant un homodimère symétrique médié par le zinc. Notre conception d'interface métallique, nommée MID1 (ID cible NESG OR37), forme un dimère serré en présence de zinc (MID1-zinc) avec une constante de dissociation <30 nM. Sans zinc, la constante de dissociation est de 4 μM. La structure cristalline de MID1-zinc montre un bon accord global avec le modèle computationnel, mais seulement trois des quatre histidines conçues coordonnent le zinc. Cependant, une mutation ponctuelle histidine-en-glutamate a entraîné une coordination à quatre du zinc, et le site de liaison métallique résultant ainsi que l'orientation du dimère correspondent étroitement au modèle computationnel (Cα rmsd = 1.4 Å).
Der et al. (jeu,) ont étudié cette question.