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L'interaction entre la nutrition et les maladies infectieuses humaines a toujours été reconnue. Avec l'émergence des outils moléculaires et de la post-génomique, les technologies de séquençage à haute résolution, le microbiote intestinal émerge comme un modérateur clé dans l'interaction complexe entre les nutriments, le corps humain et les infections. Une grande partie des recherches sur l'hôte-microbe et la nutrition est actuellement basée sur des animaux ou sur des modèles in vitro simplistes. Bien que les modèles in vivo et in vitro traditionnels aient contribué à développer des hypothèses mécanistes et à évaluer la causalité des interactions hôte-microbiote, ils échouent souvent à reproduire fidèlement la complexité de l'axe nutriment-microbiome humain dans l'homéostasie gastro-intestinale et les infections. Au cours de la dernière décennie, des progrès remarquables ont été réalisés dans l'ingénierie tissulaire, la biologie des cellules souches, la microfluidique, les technologies de séquençage et la puissance de calcul, produisant une nouvelle génération d'outils pertinents et prédictifs axés sur l'humain. Ces outils, qui comprennent des organoïdes dérivés de patients, des organes sur puce, des analyses computationnelles et des modèles, ainsi que des mesures multi-omiques, représentent un nouvel équipement passionnant pour faire avancer la recherche sur le microbiote, les maladies infectieuses et la nutrition d'un point de vue basé sur la biologie humaine. Après avoir considéré certaines limitations des approches conventionnelles in vivo et in vitro, dans cette revue, nous présentons les principaux outils novateurs disponibles et émergents qui conviennent à la conception de recherches orientées vers l'humain.
Cassotta et al. (Fri,) ont étudié cette question.