Searchlight : exploration et visualisation automatisées de bulk RNA-seq à l'aide de scripts R générés dynamiquement

CONTEXTE : Une fois les données de bulk RNA-seq traitées, c'est-à-dire alignées puis générées sous forme de tableaux d'expression et différentiels, il reste le processus essentiel où la biologie est explorée, visualisée et interprétée. Sans l'utilisation d'un pipeline de visualisation et d'interprétation, cette étape peut être chronophage et laborieuse, et est souvent réalisée à l'aide de R. Bien que les pipelines de visualisation et d'interprétation commerciaux soient complets, les pipelines disponibles gratuitement sont actuellement plus limités. RÉSULTATS : Ici, nous démontrons Searchlight, un pipeline de visualisation et d'interprétation de bulk RNA-seq disponible gratuitement. Searchlight offre : une analyse statistique et visuelle complète, se concentrant sur les niveaux global, de voies et de gènes individuels ; une compatibilité avec la plupart des conceptions expérimentales différentes, quelle que soit l'organisme ou la complexité expérimentale, via trois flux de travail ; des rapports ; et un support pour la modification en aval des graphiques par le biais de scripts R conviviaux et d'une application Shiny. Nous montrons que Searchlight offre une plus grande automatisation que les meilleurs outils actuels (VIPER et BioJupies). Nous démontrons dans une étude de ré-analyse chronométrée que, parallèlement à un pipeline standard de traitement de bulk RNA-seq, Searchlight peut être utilisé pour compléter des projets de bulk RNA-seq jusqu'au point de figures de qualité manuscrite, en moins de 3 heures. CONCLUSIONS : Comparé à une analyse manuelle basée sur R ou aux meilleurs pipelines disponibles gratuitement (VIPER et BioJupies), Searchlight peut réduire le temps et les efforts nécessaires pour compléter des projets de bulk RNA-seq au niveau du manuscrit. Searchlight est adapté aux bioinformaticiens, aux prestataires de services et aux scientifiques de laboratoire. https://github.com/Searchlight2/Searchlight2.