Les domaines N-terminal des hélicases putatives des flavivirus et pestivirus pourraient être des sérine protéases

Récemment, nous avons identifié de manière préliminaire, par comparaison de séquences, les domaines centraux des protéines NS3 des flavivirus et la portion respective de la polyprotéine des pestivirus en tant qu'hélicases ARN (A.E.G. et al., soumis). L'alignement des domaines N-proximal des mêmes protéines a révélé une conservation de courtes séquences ressemblant à celles autour des résidus catalytiques Ser, His et Asp des protéases de type chymotrypsine. Une similarité statistiquement significative a été détectée entre les séquences de ces domaines et celles des domaines de sérine protéase C-terminal des protéines de capside d'alphavirus. Il est suggéré que l'NS3 des flavivirus et la protéine respective des pestivirus contiennent au moins deux domaines fonctionnels, la protéase N-proximal et l'hélicase C-proximal. Le domaine protéase est probablement impliqué dans le traitement des protéines non structurelles virales.