Séquençage de nouvelle génération pour le diagnostic clinique : expérience de cinq ans d'un laboratoire académique

Les laboratoires cliniques ont adopté le séquençage de nouvelle génération (NGS) comme norme de référence pour le diagnostic des troubles héréditaires en raison de sa précision analytique, de son débit élevé et de son potentiel en termes de rapport coût-efficacité. Nous décrivons la mise en œuvre d'un test de séquençage NGS polyvalent pour répondre aux besoins de tests génétiques à l'Université du Minnesota. Une seule préparation de bibliothèque de capture hybride a été utilisée pour chaque test demandé, les données ont été masquées informatiquement pour les gènes commandés cliniquement, et les variants identifiés ont été examinés et classés par des conseillers génétiques et des pathologistes moléculaires. Nous avons effectué 2509 tests de séquençage de août 2012 à décembre 2017. Le rendement diagnostique est resté stable à 25 %, mais le nombre de variants d'importance incertaine (VUS) inclus dans un rapport patient a diminué au fil du temps, avec 50 % des rapports patients incluant au moins un VUS en 2012 et seulement 22 % des rapports patients faisant état d'un VUS en 2017 (p = .002). Parmi les différentes spécialités cliniques, le rendement diagnostique était le plus élevé en dermatologie (60 % de rendement diagnostique) et en ophtalmologie (42 % de rendement diagnostique), tandis que le rendement diagnostique était le plus bas dans les maladies gastro-intestinales et les maladies pulmonaires (10 % de détection dans les deux spécialités). L'analyse de délétion/duplication a également été mise en œuvre dans un sous-ensemble de panels commandés, avec 9 % des échantillons ayant un résultat diagnostic utilisant l'analyse de délétion/duplication. Nous avons démontré la faisabilité de cette plateforme NGS polyvalente pour répondre aux besoins de notre institution académique en agrégeant un volume d'échantillons suffisant provenant de nombreux tests individuellement rares et en offrant une commande flexible pour des panels personnalisés et spécifiques aux patients.