Démêler les mécanismes régulateurs sous-jacents à la variation génétique dépendante des tissus de l'expression génique

Il est connu que les variants génétiques peuvent affecter l'expression génique, mais il n'est pas encore complètement clair par quels mécanismes la variation génétique médiatise cette expression. Nous avons donc comparé l'effet cis des polymorphismes à un seul nucléotide (SNP) sur l'expression génique entre des échantillons sanguins de 1 240 sujets humains et quatre tissus primaires non sanguins (foie, tissu adipeux sous-cutané, tissu adipeux viscéral et muscle squelettique) de 85 sujets. Nous avons caractérisé quatre mécanismes différents pour 2 072 sondes montrant une régulation génétique dépendante des tissus entre les tissus sanguins et non sanguins : en moyenne, 33,2 % n'ont montré qu'une régulation cis dans les tissus non sanguins ; 14,5 % des sondes eQTL étaient régulées par différents SNP indépendants selon le tissu étudié. 47,9 % ont montré une taille d'effet différente bien qu'elles aient été régulées par les mêmes SNP. Fait surprenant, nous avons observé que 4,4 % étaient régulées par le même SNP mais avec une direction allélique inverse. Nous montrons ici que les SNP situés dans des éléments régulateurs transcriptionnels sont enrichis pour une régulation dépendante des tissus, y compris les SNP aux régions non traduites 3' et 5' (P = 1,84×10(-5) et 4,7×10(-4), respectivement) et les SNP qui sont synonymes-codants (P = 9,9×10(-4)). Les SNP associés à des traits complexes exercent plus souvent un effet dépendant des tissus sur l'expression génique (P = 2,6×10(-10)). Notre étude offre de nouvelles perspectives sur la base génétique de l'expression dépendante des tissus et suggère que les variants génétiques associés à des traits complexes ont des effets régulateurs encore plus complexes que prévu.