Évolution moléculaire du chromosome Escherichia coli. IV. Comparaisons de séquences.

Les séquences d'ADN ont été comparées dans une région de 4 400 pb pour Escherichia coli K12 et 36 souches ECOR. Les discontinuités dans le degré de similarité, précédemment inférées, sont confirmées en détail. Trois cadres clonaux sont décrits sur la base des données locales à haute résolution actuelles, ainsi que des analyses précédentes de polymorphisme de longueur des fragments de restriction (RFLP) et d'électrophorèse enzymatique multilocus (MLEE) couvrant de petites régions plus largement dispersées sur le chromosome. Ces trois approches montrent une cohérence importante. Les données illustrent le fait que, dans le contexte limité de la variation de la séquence génomique intraspécifique, la clonalité et l'homologie sont synonymes. Deux propriétés quantitatives estimables sont définies : la proximité de l'ancêtre commun (le réciproque du log10 du nombre de générations depuis l'ancêtre commun le plus récent) et le nombre de paires de nucléotides sur lesquelles s'applique une donnée proximité de l'ancêtre commun. En principe, ces paramètres mesurent le degré et l'étendue physique de l'homologie. La petite taille des remplacements recombinatoires apparents, ainsi que l'observation qu'ils se produisent parfois dans des séries discontinues, soulève la question de savoir s'ils résultent de la superposition de remplacements de taille beaucoup plus grande (comme attendu d'une interprétation élémentaire de la conjugaison et de la transduction dans des systèmes E. coli expérimentaux) ou par un mécanisme alternatif. Des polymorphismes de longueur de plusieurs sortes sont décrits.