Cartographie du génome entier des variations du nombre de copies chez l'homme : Analyse comparative des plateformes de microarray à haute résolution

La détection précise et efficace des variants du nombre de copies (CNV) à l'échelle du génome est essentielle pour comprendre la variation génomique humaine, les études d'association de CNV à l'échelle du génome, la recherche en cytogénétique et le diagnostic, ainsi que la validation indépendante des CNV identifiés par des technologies basées sur le séquençage. Il existe de nombreuses plateformes basées sur des microarrays pour la détection des CNV utilisant l'hybridation génomique comparative par microarray (aCGH), le génotypage par polymorphisme de nucléotides uniques (SNP) ou les deux. Nous avons évalué quantitativement les capacités de douze principales plateformes de détection des CNV à l'échelle du génome pour détecter avec précision des ensembles standard de CNV dans le génome de l'échantillon CEU de HapMap NA12878, et avons constaté des différences significatives de performance. Les technologies analysées étaient les microarrays Whole Genome et CNV de NimbleGen 4,2 M, 2,1 M et 3×720 K, les microarrays CGH d'Agilent 1×1 M et à haute résolution et les microarrays CNV et SNP+CGH de 2×400 K, le microarray Illumina Human Omni1Quad et le microarray Affymetrix SNP 6.0. Les normes utilisées étaient un ensemble de 3997 CNV validés basé sur le séquençage du Projet 1000 Genomes et un ensemble de 756 CNV validés basé sur aCGH à ultra haute résolution. Nous avons constaté que la sensibilité, le nombre total, la plage de taille et la résolution des points de rupture des appels de CNV étaient les plus élevés pour les microarrays axés sur les CNV. Nos résultats sont importants pour la détection et la validation des CNV de manière rentable pour des applications à la fois fondamentales et cliniques.