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Cet article décrit le package logiciel pFind 2.0 pour l'identification des peptides et des protéines via la spectrométrie de masse en tandem. Tout d'abord, la fonctionnalité la plus importante de pFind 2.0 est qu'il offre une plateforme modulaire et personnalisée pour que des tiers puissent tester et comparer leurs algorithmes. Les développeurs peuvent créer leurs propres modules en suivant les normes de l'interface de programmation d'application (API) ouverte, puis les ajouter aux flux de travail à la place des modules par défaut. De plus, pour répondre à différentes exigences, le package propose quatre flux de travail automatisés adoptant différents modules algorithmiques, exécutant des processus et des rapports de résultats. Basé sur ce design, pFind 2.0 fournit une stratégie de recherche automatisée dans une base de données cible-appât : l'utilisateur peut simplement spécifier un certain taux de faux positifs (FPR) et commencer la recherche. Le système renverra alors les résultats d'identification des protéines automatiquement filtrés par ce FPR estimé. Deuxièmement, pFind 2.0 est également d'une grande précision et d'une grande vitesse. De nombreux algorithmes pragmatiques de prétraitement, de notation des peptides, de validation et d'inférence des protéines ont été incorporés. Pour accélérer le processus de recherche, une boîte à outils pour l'indexation des bases de données de protéines a été développée pour des applications à haut débit, et tous les modules sont implémentés sous une nouvelle architecture conçue pour une recherche parallèle et distribuée à grande échelle. Une expérience sur un jeu de données public montre que pFind 2.0 peut identifier plus de peptides que SEQUEST et Mascot avec un FPR de 1 %. Il est également démontré que cette version de pFind 2.0 a une meilleure convivialité et une vitesse supérieure à celle de ses versions antérieures. Le logiciel et des informations complémentaires plus détaillées peuvent être consultés sur http://pfind.ict.ac.cn/.
Wang et al. (Tue,) ont étudié cette question.