Des analyses pan-cancer révèlent des écologies fongiques spécifiques au type de cancer et des interactions avec le bacteriome

Les associations cancer-microbe ont été explorées pendant des siècles, mais les champignons associés au cancer ont rarement été examinés. Ici, nous caractérisons de manière exhaustive le mycobiome cancéreux au sein de 17 401 échantillons de tissus, de sang et de plasma de patients à travers 35 types de cancer dans quatre cohortes indépendantes. Nous rapportons la présence d'ADN fongique et de cellules à faibles abondances dans de nombreux cancers humains majeurs, avec des différences dans les compositions des communautés qui varient selon les types de cancer, même en tenant compte du contexte technique. La coloration histologique fongique des microarrays de tissus a confirmé la présence intratumorale et l'association spatiale fréquente avec des cellules cancéreuses et des macrophages. La comparaison des communautés fongiques intratumorales avec les bacteriomes et immunomes appariés a révélé des écologies bi-domaines co-occurrents, souvent avec des microenvironnements permissifs plutôt que compétitifs et des réponses immunitaires distinctes. Des évaluations cliniques ont suggéré des capacités pronostiques et diagnostiques des mycobiomes de tissus et de plasma, même dans les cancers de stade I, et une performance prédictive synergique avec les bacteriomes.