Un modèle évolutif déterminé par expérimentation améliore considérablement l'ajustement phylogénétique

Toutes les approches modernes de la phylogénétique moléculaire nécessitent un modèle quantitatif sur l'évolution des gènes. Malheureusement, les modèles évolutifs existants ne représentent pas réalistement la sélection hétérogène sur le site qui régit le changement de séquence réel. Les tentatives pour remédier à ce problème ont impliqué l'augmentation de ces modèles avec un nombre croissant de paramètres libres. Ici, je démontre une alternative : la détermination expérimentale d'un modèle évolutif sans paramètres via la mutagenèse, la sélection fonctionnelle et le séquençage profond. En utilisant cette stratégie, je crée un modèle évolutif pour la nucléoprotéine de l'influenza qui décrit la phylogénie des gènes bien mieux que les modèles existants comportant des dizaines ou même des centaines de paramètres libres. Les nouvelles stratégies expérimentales à haut débit, comme celle utilisée ici, fournissent des informations fondamentalement nouvelles qui ont le potentiel de transformer la sensibilité des analyses phylogénétiques et génétiques.