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La technologie des cellules souches embryonnaires (CSE) s'est clairement imposée comme une technique puissante pour l'examen de la fonction des gènes in vivo. La grande majorité des expériences de ciblage génique à ce jour ont été conçues simplement pour inactiver la fonction du gène d'intérêt par l'insertion ciblée d'un marqueur sélectable dans le génome des CSE. Des cellules ES recombinantes homologues sont utilisées sans modification supplémentaire pour la génération de souris portant un allèle définitivement modifié dans toutes les cellules dès le début du développement. Contrairement à cette stratégie de ciblage génique « conventionnelle », ces dernières années, l'utilisation du système de recombinaison Cre/loxP en conjonction avec le ciblage génique a considérablement élargi la polyvalence et les voies avec lesquelles les questions biologiques peuvent être abordées chez la souris. En plus de la génération de mutations subtiles, ce système permet un certain nombre d'autres options génotypiques dans les cellules ES ou les souris en incorporant stratégiquement des sites de reconnaissance de la recombinase Cre (loxP) dans le génome et l'expression subséquente de la recombinase in vitro ou in vivo. En particulier, lorsque Cre est exprimé chez des souris portant un gène cible contenant l'loxP, la modification génique souhaitée peut être restreinte à certains types de cellules ou stades de développement de la souris (ciblage génique conditionnel) selon la spécificité tissulaire et le moment d'expression de la recombinase. Il n'existe pas de règle définitive pour décider si, pour une expérience particulière, le ciblage génique conventionnel ou conditionnel est plus approprié, car cela dépend de la question biologique spécifique et des particularités du gène étudié.
Kühn et al. (Ven,) ont étudié cette question.