Signatures génomiques de l'activation immunitaire prédisent le pronostic dans les stades avancés du cancer de l'ovaire et des tumeurs mammaires de type basal

Les cancers de l'ovaire et les cancers mammaires de type basal métastatiques sont des nécessités non satisfaites puisqu'aucune thérapie curative n'existe. L'immunothérapie a montré son efficacité dans plusieurs tumeurs solides, mais particulièrement dans celles où un état immunitaire préactivé existe. Dans ce travail, nous visons à identifier des biomarqueurs qui pourraient faire la différence entre les tumeurs immuno-activées et prédire la réponse aux thérapies dans le cancer de l'ovaire et le cancer mammaire de type basal, ainsi que leur association avec le niveau d'infiltration immune tumorale. Nous avons trouvé que l'expression combinée de IFNG, CD30, CXCL13 et PRF1 était corrélée à une meilleure survie globale (SG) dans le cancer de l'ovaire au stade avancé. Cela a été confirmé en utilisant un jeu de données indépendant de TCGA. Fait intéressant, nous avons observé que cette combinaison de gènes prédisait également un meilleur pronostic dans les tumeurs ovariques avec une faible charge mutationnelle, qui présentent typiquement un état immunitaire moins activé. L'expression de IFNG, CD30, CXCL13 et PRF1 était associée à un niveau accru d'infiltrats immunitaires (cellules T CD8+, cellules dendritiques et neutrophiles) au sein de la tumeur. De même, l'expression de IFNG, CD30, CXCL13 et PRF1 corrélait avec une augmentation de la SG et un niveau plus élevé d'infiltrats tumoraux de la plupart des cellules immunitaires (cellules B, cellules T CD8+, cellules T CD4+, neutrophiles et cellules dendritiques) dans le cancer mammaire de type basal. En conclusion, notre analyse identifie des signatures géniques avec un potentiel d'identification des cancers de l'ovaire et des cancers mammaires de type basal activés immunitairement avec un pronostic favorable et une remarquable capacité prédictive dans les tumeurs avec une faible charge mutationnelle.