Une étude des stratégies de validation pour l'édition CRISPR-Cas9

L'essai de détection des erreurs T7 endonucléase 1 (T7E1) est une méthode largement utilisée pour évaluer l'activité des nucléases spécifiques au site, telles que le système CRISPR-Cas9 de répétitions palindromiques courtes régulièrement espacées. Pour déterminer l'exactitude et la sensibilité de cet essai, nous avons comparé les estimations d'édition dérivées de l'essai T7E1 avec celles du séquençage de nouvelle génération (NGS) ciblé dans des pools de cellules mammifères éditées. Ici, nous rapportons que les estimations de l'activité de la nucléase déterminées par T7E1 ne reflètent le plus souvent pas précisément l'activité observée dans les cellules éditées. Les efficacités d'édition des complexes CRISPR-Cas9 ayant une activité similaire selon T7E1 peuvent s'avérer dramatiquement différentes selon le NGS. De plus, nous avons comparé les efficacités d'édition prédites par l'essai de suivi des indels par décomposition (TIDE) et l'essai de détection des indels par analyse d'amplicons (IDAA) à celles observées par NGS ciblé pour les pools cellulaires ainsi que pour des clones dérivés de cellules uniques. Nous montrons que les essais NGS ciblés, TIDE et IDAA prédisent des efficacités d'édition similaires pour les pools de cellules, mais que TIDE et IDAA peuvent mal identifier des allèles dans des clones édités.