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Les programmes de recherche dans les bases de données sont des outils essentiels pour identifier les peptides par spectrométrie de masse (MS) dans la protéomique à tir effectué. Atteindre simultanément une haute sensibilité et une haute spécificité lors d'une recherche dans une base de données est crucial pour améliorer la couverture du protéome. Ici, nous présentons JUMP, un nouveau programme de recherche dans une base de données hybride qui génère des étiquettes d'acides aminés et classe les correspondances de spectromes de peptides (PSMs) par un score intégré provenant des étiquettes et de l'appariement de motifs. Lors d'un fonctionnement typique de chromatographie liquide couplée à une MS en tandem haute résolution, plus de 95 % des spectres MS/MS peuvent générer au moins une étiquette, tandis que les spectres restants sont généralement trop pauvres pour dériver de véritables PSMs. Pour améliorer la sensibilité de recherche, le programme JUMP permet l'utilisation d'étiquettes aussi courtes qu'un acide aminé. En utilisant une stratégie cible- leurre, nous avons comparé JUMP avec d'autres programmes (par exemple, SEQUEST, Mascot, PEAKS DB et InsPecT) dans l'analyse de multiple ensembles de données et avons constaté que JUMP surpassait ces programmes existants. JUMP a également permis l'analyse de multiples peptides co-fragmentés provenant de « spectres de mélange » pour augmenter encore les PSMs. De plus, les étiquettes dérivées de JUMP ont permis un séquençage partiel de novo et ont facilité l'attribution sans ambiguïté des résidus modifiés. En résumé, JUMP est un algorithme de recherche dans une base de données efficace, complémentaire aux programmes de recherche actuels.
Wang et al. (Mon,) ont étudié cette question.