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Le genre Schizochytrium sensu lato a été caractérisé par des divisions binaires successives de ses cellules végétatives. Cependant, la phylogénie moléculaire suggère fortement que ce genre n'est pas un taxon naturel, car les souches originales et enregistrées qui ont été identifiées comme Schizochytrium spp. forment séparément trois groupes monophylétiques bien soutenus dans l'arbre du gène 18S rRNA. Ces trois groupes sont clairement distinguables par leurs caractéristiques morphologiques combinées et les profils des acides gras polyinsaturés et des pigments caroténoïdes qu'ils contiennent, bien que ces derniers soient difficiles à distinguer en utilisant uniquement une seule caractéristique. Par conséquent, trois genres différents sont proposés pour accueillir ces trois groupes, à savoir Schizochytrium sensu stricto, Aurantiochytrium et Oblongichytrium gen. nov.
Yokoyama et al. (Mon,) ont étudié cette question.
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