Une nouvelle méthode de séquençage PCR à longue portée pour l'analyse génétique de l'ensemble du gène PKD1

Les tests génétiques de PKD1 et PKD2 sont utiles pour le diagnostic et le pronostic de la maladie rénale polykystique autosomique dominante ; cependant, l'analyse est compliquée par la grande taille du transcript, la complexité de la région génique et le haut niveau de variations génétiques. Nous avons développé un nouvel essai de dépistage de mutations pour PKD1 en séquençant directement les produits PCR à longue portée (LR). En utilisant cette méthode, la région codante entière de PKD1 a été amplifiée par neuf réactions, générant des tailles de produits de 2 à 6 kb, contournant la nécessité d'une amplification PCR spécifique des exons individuels. Cette méthode a été comparée à la séquence directe utilisée par un laboratoire de référence et au système de dépistage SURVEYOR-WAVE Nucleic Acid High Sensitivity Fragment Analysis (Transgenomic) pour cinq patients atteints de maladie rénale polykystique autosomique dominante. Un total de 53 changements génétiques hétérozygotes ont été identifiés par séquençage PCR LR, y compris 41 (sur 42) variations détectées par la nucléase SURVEYOR et toutes les 32 variations signalées par le laboratoire de référence, détectant 12 changements introniques supplémentaires non identifiés par les deux autres méthodes. Comparé au laboratoire de référence, le séquençage PCR LR avait une sensibilité de 100%, une spécificité de 98,5% et une précision de 98,8%; comparé à la méthode SURVEYOR-WAVE, il avait une sensibilité de 97,1%, une spécificité de 100% et une précision de 99,4%. En conclusion, le séquençage PCR LR était supérieur aux méthodes de séquençage direct et de dépistage pour détecter les variations génétiques, atteignant une haute sensibilité et une couverture intronique améliorée avec un temps de réponse plus rapide et des coûts réduits, fournissant un outil fiable pour des analyses génétiques complexes.