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NON ÉTIQUETÉ : Étant donné que la majeure partie du génome du maïs (Zea mays L.) est constituée de séquences répétitives, les efforts de séquençage sont ciblés sur sa fraction « riche en gènes ». Les programmes d'assemblage traditionnels sont inadaptés à cette approche car ils sont optimisés pour un échantillonnage uniforme du génome et manquent intrinsèquement de la capacité de différencier des paralogues hautement similaires. RÉSULTATS : Nous rapportons le développement d'outils bio-informatiques pour l'assemblage précis du génome du maïs. Ce logiciel, qui repose sur des algorithmes parallèles innovants pour assurer l'extensibilité, a assemblé 730 974 fragments de séquences d'enquête génomique en 4 h à l'aide de 64 processeurs Pentium III 1.26 GHz d'un cluster standard. Des innovations algorithmiques sont utilisées pour réduire significativement le nombre d'alignements par paires sans sacrifier la qualité. Les informations sur les paires de clones ont été utilisées pour estimer le taux d'erreur afin d'améliorer la différenciation des polymorphismes par rapport aux erreurs de séquençage. L'assemblage a également été utilisé pour évaluer l'efficacité de diverses stratégies de filtrage et fournir ainsi des informations qui peuvent être utilisées pour orienter les efforts de séquençage ultérieurs.
Emrich et al. (Tue,) ont étudié cette question.