प्रोकेरियोटिक वायरस समरूपी समूह (pVOGs): तुलनात्मक जीनोम और प्रोटीन परिवार एनोटेशन के लिए एक संसाधन

वायरस पृथ्वी पर सबसे प्रचुर और विविध जैविक संस्थाएं हैं, और जबकि इस विविधता का अधिकांश हिस्सा पूरी तरह अपरिवर्तित रह गया है, जीनोम अनुक्रमण में प्रगति ने वायरसफियर में अभूतपूर्व झलकियाँ प्रदान की हैं। प्रोकेरियोटिक वायरस समरूपी समूह (pVOGs, पूर्व में फेज समरूपी समूह, POGs के नाम से जाना जाता था) संसाधन ने पिछले एक दशक में स्वचालित विधियों का उपयोग करके जीनोमिक डेटा में तेजी से वृद्धि के साथ तालमेल रखने में मदद की है। pVOGs के उपयोगों में वायरस प्रोटीन की कार्यात्मक एनोटेशन, अप्रतिबंधित DNA नमूनों में जीन और वायरस की पहचान, फलनात्मक विश्लेषण, बड़े पैमाने पर तुलनात्मक जीनोम परियोजनाएँ, और अधिक शामिल हैं। pVOGs डेटाबेस कई पूर्ण जीनोम के बीच साझा समरूपी जीन परिवारों का एक व्यापक सेट दर्शाता है जो बैक्टीरियल या आर्कियल मेज़बानों को संक्रमित करते हैं (यूकेरियोट्स के वायरस भविष्य में जोड़े जाएंगे)। pVOGs क्लस्टर ऑफ ऑर्थोलॉगस ग्रुप्स (COGs) ढांचे के भीतर बनाए गए हैं, जिसका प्रोकेरियोट्स में समरूपता पहचान के लिए व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है। POGs की पिछली रिलीज़ के बाद, आकार लगभग 3000 जीनोम और 300,000 प्रोटीन तक तीन गुना बढ़ गया है, और संरक्षित समरूपी समूहों की संख्या 9518 तक दोगुनी हो गई है। उपयोगकर्ता-अनुकूल वेबपेज उपलब्ध हैं, जिसमें प्रत्येक VOG के लिए कई अनुक्रम संरेखण और HMM प्रोफाइल शामिल हैं। ये परिवर्तन वायरस जीनोमिक्स में तेज़ प्रगति के समय pVOGs डेटाबेस में प्रमुख सुधार प्रदान करते हैं। pVOGs डेटाबेस संयुक्त रूप से आयोवा विश्वविद्यालय पर http://dmk-brain.ecn.uiowa.edu/pVOGs और NCBI पर ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/kristensen/pVOGs/home.html पर होस्ट किया गया है।