Prokaryotische Virus-orthologe Gruppen (pVOGs): eine Ressource für vergleichende Genomik und Proteinfamilienannotation

Virusse sind die zahlreichsten und vielfältigsten biologischen Entitäten auf der Erde, und während der Großteil dieser Diversität völlig unerforscht bleibt, haben Fortschritte in der Genomsequenzierung beispiellose Einblicke in die Virosphäre ermöglicht. Die Prokaryotischen Virus-orthologen Gruppen (pVOGs, früher als Phagen-orthologe Gruppen, POGs, bezeichnet) haben in den letzten zehn Jahren geholfen, diese Aufgabe zu bewältigen, indem automatisierte Methoden eingesetzt wurden, um mit dem schnellen Anstieg von Genomdaten Schritt zu halten. Die Anwendungen der pVOGs umfassen die funktionale Annotation von viralen Proteinen, die Identifizierung von Genen und Viren in uncharakterisierten DNA-Proben, phylogenetische Analysen, großangelegte vergleichende Genomikprojekte und mehr. Die Datenbank der pVOGs stellt ein umfassendes Set von orthologen Genfamilien dar, die über mehrere vollständige Genome von Viren, die bakterielle oder archaeale Wirte infizieren, geteilt werden (Viren von Eukaryoten werden zu einem späteren Zeitpunkt hinzugefügt). Die pVOGs werden innerhalb des Rahmens der Cluster orthologer Gruppen (COGs) konstruiert, der weit verbreitet zur Identifizierung von Orthologie in Prokaryoten verwendet wird. Seit der vorherigen Veröffentlichung der POGs hat sich die Größe auf nahezu 3000 Genome und 300.000 Proteine verdreifacht, und die Anzahl der konservierten orthologen Gruppen hat sich auf 9518 verdoppelt. Benutzerfreundliche Webseiten sind verfügbar, einschließlich mehrfacher Sequenzalignments und HMM-Profile für jedes VOG. Diese Änderungen bieten erhebliche Verbesserungen der pVOGs-Datenbank zu einem Zeitpunkt schnell voranschreitender Virusgenomik. Die pVOGs-Datenbank wird gemeinsam an der Universität von Iowa unter http://dmk-brain.ecn.uiowa.edu/pVOGs und am NCBI unter ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/kristensen/pVOGs/home.html gehostet.