ドッキングプログラムとスコアリング関数の重要な評価

ドッキングは、タンパク質結合部位における小分子の立体構造をサンプリングする計算技術です。スコアリング関数は、これらの立体構造のどれがタンパク質結合部位に最も適合するかを評価するために使用されます。10のドッキングプログラムと37のスコアリング関数を、3つのタスク（結合モード予測、リード同定のためのバーチャルスクリーニング、リード最適化のための親和性によるランク付け）に対して7つのタンパク質タイプの8つのタンパク質で評価しました。全てのドッキングプログラムは、少なくとも1つのターゲットに対して結晶構造で決定されたタンパク質/リガンド複合体構造に類似したリガンド立体構造を生成することができました。しかし、スコアリング関数は、ドッキングされたポーズのセットから結晶構造の立体構造を区別するのにはあまり成功しませんでした。ドッキングプログラムは、製薬関連のデコイ化合物のプールから活性化合物を特定しましたが、どのプログラムも全てのターゲットに対してうまく機能したわけではありませんでした。化合物の親和性予測に関しては、どのドッキングプログラムやスコアリング関数も、リガンド結合親和性の有用な予測を行いませんでした。