ResFinder - 次世代シーケンシングデータにおける抗菌耐性遺伝子の同定と遺伝子型から表現型を予測するためのオープンなオンラインリソース

抗菌耐性 (AMR) は世界的に最も重要な健康脅威の一つです。耐性細菌分離株および個々の抗菌耐性遺伝子 (ARGs) を正確に同定する能力は、AMR の進化と出現を理解し、適切な治療を提供するために不可欠です。次世代シーケンシング技術の急速な発展により、この技術は世界中の通常の研究所の研究者や微生物学者が利用できるようになりました。しかし、バイオインフォマティクスの経験が限られている人々のためのツールは不足しており、特に低中所得国 (LMICs) の研究者や微生物学者が独自の研究を行うためのツールが不足しています。CGE-tools (ゲノム疫学センター) には ResFinder (https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/) が含まれており、経験のない研究者や微生物学者が簡単なバイオインフォマティクス分析を行うための使いやすいオンラインバイオインフォマティクスツールを無料で提供するために開発されました。主な目的は、特に LMICs における最前線の診断に関与する人々にこれらのソリューションを提供することでした。2012 年の初版以来、ResFinder はコードやデータベースの改善、選択された細菌種のポイント変異の追加、選択された種の表現型の予測を含む数回の改良を経てきました。2021 年 9 月 28 日現在、171 カ国の 61,776 の IP アドレスから 820,803 の分析が ResFinder を使用して実施されています。ResFinder は明らかに世界中の多くの人々のニーズを満たしており、今後も無料でこのサービスを提供し続けることができることを願っています。また、追加の細菌種に対する表現型予測を含むさらなる改善を提供することを期待しています。