ResFinder – 次世代シーケンシングデータにおける抗生物質耐性遺伝子の同定と遺伝子型から表現型を予測するためのオープンオンラインリソース

抗生物質耐性（AMR）は、世界的に最も重要な健康脅威の一つです。耐性菌株と個々の抗生物質耐性遺伝子（ARGs）を正確に同定する能力は、AMRの進化と出現を理解し、適切な治療を提供するために不可欠です。次世代シーケンシング技術の急速な進展により、この技術は世界中の定型的な研究所の研究者や微生物学者が利用できるようになりました。しかし、バイオインフォマティクスの経験が限られた人々が利用できるツールが不足しており、特に低中所得国（LMICs）の研究者や微生物学者が独自の研究を実施するための支援が求められています。CGE-tools（ゲノム疫学センター）には、ResFinder（https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/）が含まれており、経験の浅い研究者や微生物学者が簡単なバイオインフォマティクス分析を行えるように、自由に利用可能な使いやすいオンラインバイオインフォマティクスツールを提供するために開発されました。主な目的は、主にLMICsにおける最前線の診断に関与している人々にこれらのソリューションを提供することでした。2012年の初回発表以来、ResFinderはコードやデータベースの改善、選ばれた細菌種に対する点突然変異の追加、および選ばれた種に対する表現型の予測を含むいくつかの改善が行われています。2021年9月28日現在、171か国の61,776のIPアドレスから820,803回の分析がResFinderを用いて実施されました。ResFinderは、世界中の多くの人々のニーズを明確に満たしており、今後もこのサービスを無料で提供し続けることを期待しています。さらに、追加の細菌種に対する表現型の予測を含むさらなる改善を提供できることを望んでいます。