エントロピーに基づく尺度を用いた化合物データセットのスキャフォールド多様性分析

要旨 化合物データベースのスキャフォールド多様性分析は、ライブラリ設計、化合物取得、バーチャルスクリーニング、構造-活性関係の評価など、医薬化学および医薬品発見において複数の応用があります。スキャフォールド多様性は一般的に頻度カウントに基づいて測定されます。これらのスキャフォールドにおける分子の特定の分布を考慮することによって、さらなる情報が得られます。この目的のために、本研究ではエントロピーに基づく情報メトリックを導入し、化合物データセットのスキャフォールド多様性を評価します。テストケースとして、薬剤設計において関心のある5つのタンパク質クラスを対象とするサイズが比較可能な16のアクティブ化合物データセットのスキャフォールド多様性を分析しました。多様性はまた、頻度カウントおよびスキャフォールド回収曲線の観点から評価されました。エントロピーに基づく情報メトリックは、異なるスキャフォールドの頻度分布を考慮に入れ、より包括的な分析を可能にするスキャフォールド多様性の補完的な指標です。