細菌の複製はどこから始まるのか？ oriC領域予測のためのルール

DNAの非対称性、DnaAボックスの分布、及びdnaA遺伝子の位置に基づく3つの方法を用いて、120の染色体における推定複製起点を特定しました。これらの方法の合意に応じて染色体を分類し、これらの方法の適用可能性を評価しました。DNAの非対称性は、細菌染色体における推定oriCの特定に最も普遍的な方法ですが、より良い予測を達成するためには他の方法と併用して適用する必要があります。この3つの方法は、すべてのバチルス科およびクロストリジウム科、さらには多くのアクチノバクテリアとガンマプロテオバクテリアで同じ領域を推定起点として特定しました。DnaAボックスのクラスターの組織を詳細に分析しました。76の染色体では、複数のDnaAボックスを含むDNA断片が推定起点領域として特定されました。ほとんどの細菌染色体はDnaAボックスが過剰に存在しており、それらの多くはoriC領域の近くに少なくとも2つのDnaAボックスのクラスターを含んでいます。追加のDnaAボックスのクラスターはおそらく複製開始の制御に関与しています。驚くべきことに、複製開始の特徴的な特徴、つまりDnaAボックスのクラスター、dnaA遺伝子、および非対称性のスイッチは、特に強制的な細胞内寄生生物や内因性共生体の染色体のいくつかで見つかりませんでした。これは、おそらくDNAの非対称性を妨げる多くのメカニズム、dnaA遺伝子の移動または消失、及び大腸菌の完璧なDnaAボックスパターンの崩壊に関連しています。