Où commence la réplication bactérienne ? Règles pour prédire la région oriC

Trois méthodes, basées sur l'asymétrie de l'ADN, la distribution des boîtes DnaA et la localisation du gène dnaA, ont été appliquées pour identifier les origines de réplication putatives dans 120 chromosomes. Les chromosomes ont été classés en fonction de l'accord entre ces méthodes et l'applicabilité de ces méthodes a été évaluée. L'asymétrie de l'ADN est la méthode la plus universelle d'identification de l'oriC putatif dans les chromosomes bactériens, mais elle doit être appliquée conjointement avec d'autres méthodes pour obtenir de meilleures prédictions. Les trois méthodes identifient la même région comme une origine putative dans toutes les Bacilles et Clostridia, de nombreux Actinobacteria et gamma Proteobacteria. L'organisation des groupes de boîtes DnaA a été analysée en détail. Pour 76 chromosomes, un fragment d'ADN contenant plusieurs boîtes DnaA a été identifié comme une région d'origine putative. La plupart des chromosomes bactériens présentent une surexpression de boîtes DnaA ; beaucoup d'entre eux contiennent au moins deux groupes de boîtes DnaA à proximité de la région oriC. Les groupes supplémentaires de boîtes DnaA sont probablement impliqués dans le contrôle de l'initiation de la réplication. Étonnamment, les caractéristiques caractéristiques de l'initiation de la réplication, c'est-à-dire un groupe de boîtes DnaA, un gène dnaA et un changement d'asymétrie, n'ont pas été trouvées dans certains des chromosomes analysés, en particulier ceux des parasites intracellulaires obligatoires ou des endosymbiontes. Cela est probablement lié à de nombreux mécanismes perturbant l'asymétrie de l'ADN, la translocation ou la disparition du gène dnaA et la dégradation du motif parfait de la boîte DnaA d'Escherichia coli.