細菌ゲノムにおけるOxfordナノポアライブラリ戦略の比較

背景：Oxfordナノポアテクノロジーズ（ONT）は、細菌ゲノムをシーケンスするための3つの主要なライブラリ調製戦略を提供しています。これには、タグメンテーション（TAG）、リガーション（LIG）、および増幅（PCR）が含まれます。ONTの推奨にもかかわらず、サイドバイサイドの比較なしでは調製の選択について情報に基づいた意思決定が困難です。本研究では、12の細菌株をシーケンスして、これらの戦略の総出力を調べました。これには、シーケンスノイズ、バーディング効率、およびここで確立されたキュレーションされたゲノムに基づくアセンブリ品質が含まれます。結果：平均リード長は、TAGとLIGでほぼ同じ（> 5,000 bp）でしたが、PCRでは著しく小さく（< 1,100 bp）、LIGは33.62 Gbpの最大出力を生成し、TAGは11.72 Gbp、PCRは4.79 Gbpでした。PCRは、キュレーションされたゲノムにマップ可能なリードが22.7%のみで、LIGの92.9%、TAGの87.3%と比較して、最もシーケンスノイズを生成しました。チャネルあたりの出力はLIGで最も均一で、PCRで最も変動が大きく、TAGは中間でした。アーティファクトのタンデムコンテンツは、PCRで最も豊富で（22.5%）、LIGおよびTAGでは最も少なかった（0.9%および2.2%）。バーコード化されたライブラリのベースコールとデマルチプレクシングは、分類されていないリードとして約20%のデータ損失と1.5%のリード漏れをもたらしました。結論：LIGの出力は最も良好（ノイズが低く、長い長さのリード数が多い）、TAGは中間（ノイズがいくつかあり、長い長さのリード数が適度）、PCRはあまり望ましくない（ノイズが高く、長い長さのリード数が多い）でした。全体として、ユーザーは、漏出リードから組み立てられたプラスミドの検出を含む、慎重な複製体検証なしにアセンブリ結果をそのまま受け入れるべきではありません。