ヒトのマイクロバイオームサンプルから真核生物rRNA遺伝子配列を定量化するためのツールキット

真核微生物は、ヒトのマイクロバイオームの重要だが研究が不十分な構成要素です。ここでは、単一細胞真核生物の深い配列データ分析のためのパイプラインを提示します。新しい18S rRNA遺伝子特異的PCRプライマーセットを設計し、公開されたrRNA遺伝子内部転写スペーサー（ITS）遺伝子プライマーセットと比較しました。増幅産物は、定義された真核生物からの24の標本および8つの良く特徴付けられたヒト糞便サンプルに対してテストされました。分類学的帰属のためのソフトウェアパイプラインhttps://sourceforge.net/projects/brocc/が開発され、シミュレーションデータに対して検証され、ピロシーケンスデータでテストされました。この研究は、ヒトのマイクロバイオームサンプルにおける真核生物の配列に基づくカウントのための十分に特徴付けられたツールキットを提供します。