海洋原核プランクトンの大規模コレクションにおけるゲノムの代表性とキメラ性

背景：単一増幅ゲノム（SAG）とメタゲノム組立ゲノム（MAG）は、培養されていない微生物系統のコーディングポテンシャルに関する情報の主要な源ですが、それらの強みと限界は理解されていません。本研究では、同じ全球環境から得られた数千のSAGとMAGの二つの以前に発表されたコレクションの直接比較を行いました。結果：SAGはキメラ性に対して少なく、熱帯および亜熱帯の海の表層域に生息する微生物系統の相対的豊富さとパンゲノム内容をより正確に反映していることがわかりました。SAGは、16S rRNAアンプリコン解析を通じて発見された分類群とゲノム情報を結びつけるのにも適しています。一方、MAGは希少な系統のゲノムをより容易に回収できる利点があります。結論：私たちの分析は、環境微生物学において最も一般的に使用される二つのゲノム回収アプローチの相対的な強みと弱みを明らかにしました。これらの考慮点とゲノム品質評価のためのより良いツールの必要性は、SAGやMAGを含む研究を設計し、データを解釈する際に考慮されるべきです。