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하이브리드 매핑은 시스 메커니즘을 통해 조절되는 유전자를 효율적으로 식별하고 특성화하는 강력한 접근법입니다. 본 연구에서는 표현형이 다른 듀록(Duroc)과 룰라이(Lulai) 돼지 품종의 상호 교배를 사용하여, 4단계의 발달 과정 전반에 걸쳐 뇌, 간, 근육 및 태반의 조절 변동에 대한 포괄적인 다중 오믹 특성 분석을 수행합니다. 16개의 전장 유전체가 시퀀싱된 개체를 포함한 가장 큰 다중 오믹 데이터 세트를 생산하며, 48개의 전체 유전체 바이설파이트 시퀀싱, 168개의 ATAC-Seq 및 168개의 RNA-Seq 샘플도 포함됩니다. 우리는 대립유전자 특이적 메틸화, 크로마틴 접근성 및 RNA 발현을 신뢰성 있게 평가하기 위한 읽기 수 기반의 방법을 개발했습니다. 우리는 DNA 메틸화, 크로마틴 접근성 및 유전자 발현의 모든 분야에서 발달 단계 특이성보다 조직 특이성이 훨씬 강함을 보여줍니다. 우리는 부모의 유전자 기원과 대립유전자 유전자형 효과의 영향을 받는 573개의 대립유전자 특이적 발현을 보이는 유전자를 확인했습니다. 우리는 메틸화, 크로마틴 접근성 및 유전자 발현 데이터를 통합하여 대립유전자 특이적 발현이 대립유전자 특이적 메틸화 및/또는 크로마틴 접근성에 의해 상당 부분 설명될 수 있음을 보여줍니다. 이 연구는 돼지의 여러 조직 및 발달 단계에 걸친 조절 변동에 대한 포괄적인 특성 분석을 제공합니다.
Quan et al. (수요일) 이 질문을 연구했습니다.