HPV 관련 두경부 암 진단 및 예후를 위한 다중 기능 차세대 액체 생검.

6064 배경: 인간 유두종 바이러스(Human papillomavirus) 관련 두경부 편평 세포 암종(HPV+HNSCC)은 혈액 내에 순환하는 종양 HPV DNA(ctHPVDNA)를 방출하며, 이는 질병 상태의 매우 정확한 바이오마커입니다. 기존의 액체 생검 방법에는 감도, 유전자형 범위에 대한 한계가 있으며 추가적인 예후 유전체 특성을 주석 달지 않습니다. 본 연구에서는 질병 진단 시점에서 HPV+HNSCC에 대한 맞춤형 HPV 전체 유전체 차세대 시퀀싱(NGS) 액체 생검인 HPV-DeepSeek의 진단 및 예후 성능을 ctHPVDNA ddPCR, HPV 혈청학, 임상 작업과 비교하여 테스트했습니다. 방법: 본 단일센터 전향적 코호트 연구에 304명의 참가자(152명의 미치료 HPV+HNSCC 환자, 152명의 일반 인구 대조군)가 전향적으로 등록되었습니다. 혈장 샘플은 HPV-DeepSeek, 다중화 혈청학 분석, 단일 플렉스 ddPCR 및 5 유전자형 다중화 ddPCR 분석을 사용하여 분석되었습니다. HPV-DeepSeek가 가장 높은 진단 정확도를 가질 것이라는 가설을 테스트했습니다. 또한 HPV-DeepSeek의 예후 특성 주석에 대한 정확성을 높은 위험의 HPV16 단일 뉴클레오타이드 다형성(SNP), 통합 사건 및 PIK3CA 돌연변이를 포함하여 추가적으로 검사했습니다. 결과: 152개의 사례 중 114(75%)가 AJCC 1기였고 138/152(91%)가 구인두 원발암이었습니다. HPV-DeepSeek의 감도(98.7%), 특이도(98.7%) 및 진단 정확도(0.974)는 단일 플렉스 ddPCR(94.2%, 98.6%, 0.928), 다중화 ddPCR(90.6%, 96.3%, 0.869), HPV 혈청학(86.4%, 96.3%, 0.827), 및 첫 시도 임상 진단 생검(78% 감도)에 비해 우수했습니다(P<0.001). HPV-DeepSeek를 이용하여 8개의 서로 다른 유전자형을 검출했습니다. 4명의 환자는 다중 유전자형 감염이 발견되었습니다. 137/152 사례가 HPV16으로 분류되었으며, A1이 가장 흔한 하위 계통(90/137)이었습니다. 137 HPV+HNSCC HPV16 사례 중 21건(15%)에서 높은 위험의 SNP가 나타났습니다. HPV-DeepSeek에 의한 HPV SNP 유전자형 분석의 정밀도는 금 표준인 조직 기반 HPV 전체 유전체 시퀀싱 분석과의 정밀도에서 조직에서 89%, 혈액에서 85% 일치하는 것으로 나타났습니다. HPV-DeepSeek의 조직과 혈액 간의 내부 일치율은 91%였습니다. 152사례 중 48건(32%)에서 적어도 하나의 바이러스 통합 사건이 검출되었고, 152사례 중 36건(24%)에서 HPV-DeepSeek에 의해 PIK3CA 돌연변이가 검출되었습니다. 조각 분석에서는 HPV+HNSCC 환자에서 ctHPVDNA의 평균 조각 크기가 148bp, 대조군 환자의 cfDNA가 167bp, 그리고 인간 세포 자유(cf)DNA가 168bp로 나타났습니다. 기초 ctHPVDNA 양은 바이러스 통합 상태, T 단계 및 N 단계와 강하게 상관관계가 있었습니다(P<0.001). 결론: HPV-DeepSeek는 진단 시 ddPCR, HPV 혈청학 및 임상 작업에 대한 진단 정확도를 개선했으며, 높은 위험의 HPV16 SNP, 바이러스 통합 사건 및 PIK3CA 돌연변이를 포함한 예후 특성의 탐지를 보여주었습니다.