16Sプライマーの選択性が小さな水域からのシアノバクテリアの多様性に関する結果に影響を与える

さまざまな環境からの微生物群集に関する調査の大多数は、現在、培養に依存しない方法に基づいています。多くの研究が、シアノバクテリア群を含む細菌のメタバーコーディングにおける16S rRNAの超可変領域をターゲットにしたプライマーの中心的で選択的役割を指摘しています。多くの著者によって強調されているように、16S rRNA遺伝子の標的領域を増幅するために設計されたプライマーの選択性は、効果的な増幅を制限しました。さらに、研究対象の材料の種類と特異性も16Sメタバーコーディングの結果に悪影響を及ぼす可能性があります。シアノバクテリア群の研究のほとんどは、一般的で十分に研究された種によって表されることが多い浮遊性微生物群集に対して行われてきました。本研究では、底生の微生物マット形成シアノバクテリア群用に、16S rRNA遺伝子の分岐した領域を増幅する、すでに広く知られている2つのプライマーペアと本研究で設計された3つ目のプライマーペアを用いた16Sメタバーコーディング分析の結果を示します。このような群集は、毒素生成性シアノバクテリアの分類群の源となる可能性があり、適切なプライマーで監視されるべきです。3つのプライマーペアの比較は、本研究内で設計されたプライマーが、他のものよりも高度に異質なシアノバクテリアマットのコミュニティの構造と組成をより良く説明することを示唆しました。