असेम्बली एरेना: नैनोपोर अनुक्रमण के लिए आरएनए आइसोफॉर्म पुनर्निर्माण एल्गोरिदम का बेंचमार्किंग

सार: उच्च युकैरियोट्स के ट्रांसक्रिप्टोम को हल करना लम्बे पढ़ाई अनुक्रमण की उपलब्धि के साथ अधिक स्पष्ट हो गया है, जो नए ट्रांसक्रिप्ट और उनके स्प्लाइसिंग आइसोफॉर्म की पहचान को बहुत सुविधाजनक बनाता है। हालाँकि, लम्बी पढ़ाई आरएनए अनुक्रमण डेटा का गणनात्मक विश्लेषण चुनौतीपूर्ण बना हुआ है क्योंकि तकनीकी कलाएं वास्तविक जैविक जानकारी से अलग करना कठिन है। इस मुद्दे को संबोधित करने के लिए, हमने आरएनए ट्रांसक्रिप्ट आइसोफॉर्म को सटीक रूप से पुनर्निर्माण करने की उनकी क्षमता पर कई प्रमुख ट्रांसक्रिप्टोम असेम्बली एल्गोरिदम के प्रदर्शन का मूल्यांकन किया। हमने विशेष रूप से विभिन्न रसायनों के खिलाफ सिंथेटिक आरएनए स्पाइक-इन नियंत्रण (Sequins™ और SIRVs) का गहन नैनोपोर अनुक्रमण पर ध्यान केंद्रित किया। हमारा प्रणालीबद्ध तुलनात्मक बेंचमार्किंग विभिन्न सर्वेक्षण की गई रणनीतियों की शक्तियों और सीमाओं को उजागर करता है। हम ट्रांसक्रिप्टोम के एनोटेशन और असेम्बली गुणवत्ता मेट्रिक्स के औपचारिककरण के साथ अवधारणात्मक और तकनीकी चुनौतियों को भी उजागर करते हैं। हमारे परिणाम हालिया प्रयासों को पूरा करते हैं, जो लम्बी पढ़ाई ट्रांसक्रिप्टोम असेम्बली के लिए एक स्वर्ण मानक विश्लेषणात्मक पाइपलाइन की ओर एक मार्ग तैयार करने में सहायता करते हैं।