SRTsim: simulaciones que preservan patrones espaciales para transcriptómica espacialmente resuelta

Resumen Los métodos computacionales específicos de transcriptómica espacialmente resuelta (SRT) a menudo se desarrollan, prueban, validan y evalúan in silico utilizando datos simulados. Desafortunadamente, los datos SRT simulados existentes a menudo están mal documentados, son difíciles de reproducir o poco realistas. Los simuladores de células individuales no son directamente aplicables para la simulación SRT ya que no pueden incorporar información espacial. Presentamos SRTsim, un simulador específico de SRT para simulaciones escalables, reproducibles y realistas. SRTsim no solo mantiene varias características de expresión de los datos SRT, sino que también preserva los patrones espaciales. Ilustramos los beneficios de SRTsim en la evaluación de métodos para clustering espacial, detección de patrones de expresión espacial y identificación de comunicación célula-célula.