串行晶体学(SX)是一种新兴技术,旨在确定宏分子或小分子的室温结构,同时最大限度地减少辐射损伤。SX结合泵—探针或混合—注入实验,进一步实现了对反应机制中时间分辨分子动力学的可视化。在SX实验中,通常会收集数十万到数百万张衍射图像,以确定三维结构,并需要高性能计算资源高效处理如此大量的数据集。在本研究中,我们介绍了韩国科学技术情报院(KISTI)全球科学数据中心(GSDC)用于串行飞秒晶体学(SFX)数据处理的计算基础设施,该数据是使用浦项加速器实验室的X射线自由电子激光(PAL-XFEL)产生的。我们描述了GSDC中三台专用服务器用于SX数据处理的硬件和软件规格。利用该系统,我们处理了三组不同数据集的SFX数据,结合了并行处理CPU、索引算法和其他索引参数等多种输入,以理解数据处理速度与索引效率之间的关系。这些结果为使用GSDC基础设施进行SX数据处理提供了实用指南,并为设计高效的数据收集和分析策略提供了宝贵的见解。
Nam 等人(星期五)研究了这个问题。