تقدم في فك تشفير الخلايا المختلطة يمكّن من قياس أنواع الخلايا في بيانات التعبير الجيني المكاني

يعتبر رسم خرائط أنواع الخلايا عبر الأنسجة مسألة مركزية في البيولوجيا المكانية، لكن من الصعب استخراج وفرة أنواع الخلايا من بيانات التعبير الجيني المكاني. نقدم SpatialDecon، خوارزمية لقياس مجموعات الخلايا المحددة عن طريق تسلسل الخلايا المفردة داخل مناطق دراسات التعبير الجيني المكاني. تتضمن SpatialDecon عدة تطورات في فك تشفير التعبير الجيني. نقترح خوارزمية تعتمد على الانحدار اللوغاريتمي الطبيعي ونمذجة الخلفية، متفوقة على الطرق التقليدية لأقل المربعات. نقوم بتجميع مصفوفات ملفات الخلايا لـ 75 نوع من الأنسجة. نحدد الجينات التي تجعل التعبير الأدنى لها بواسطة خلايا السرطان مناسبة لفك تشفير المناعة في الأورام. باستخدام أورام الرئة، أنشأنا مجموعة بيانات لمقارنة طرق فك التشفير ضد بروتينات العلامة. SpatialDecon هي أداة بسيطة ومرنة لرسم خرائط أنواع الخلايا في دراسات التعبير الجيني المكاني. تحصل على تقديرات وفرة الخلايا التي تكون محددة مكانيًا، وحبيبية، ومقترنة ببيانات التعبير الجيني المتعددة للغاية.