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La asignación de funciones a proteínas no caracterizadas descubiertas en proyectos genómicos requiere herramientas y recursos computacionales de fácil acceso para la explotación a gran escala y amigable para usuarios de las bases de datos de proteínas, genomas y metagenomas por parte de los experimentadores. Este artículo describe el recurso web desarrollado por la Iniciativa de Función Enzimática (EFI; accesado en https://efi.igb.illinois.edu/) que proporciona herramientas de "enzimología genómica" ("herramientas web") para (1) generar redes de similitud de secuencia (SSNs) para familias de proteínas (EFI-EST); (2) analizar y visualizar el contexto genómico de las proteínas en grupos en SSNs (en redes de vecindario genómico, GNNs, y diagramas de vecindario genómico, GNDs) (EFI-GNT); y (3) priorizar grupos de SSN no caracterizados para la asignación funcional basada en la abundancia del metagenoma (perfiles funcionales guiados químicamente, CGFP) (EFI-CGFP). Las SSNs generadas por EFI-EST se utilizan como entrada para EFI-GNT y EFI-CGFP, permitiendo una fácil transferencia de información entre las herramientas. Las redes se visualizan y analizan utilizando Cytoscape, una aplicación de escritorio ampliamente utilizada; los GNDs y los mapas de calor de CGFP que resumen la abundancia del metagenoma se visualizan dentro de las herramientas. Proporcionamos un ejemplo detallado del uso integrado de las herramientas con un análisis de la superfamilia de enzimas de radical de glicilo (IPR004184) encontrada en el microbioma intestinal humano. Este análisis demuestra que (1) las anotaciones de SwissProt no siempre son correctas, (2) los análisis de contexto genómico a gran escala permiten predecir nuevas vías metabólicas, y (3) la abundancia del metagenoma puede utilizarse para identificar/priorizar proteínas no caracterizadas para investigaciones funcionales.
Zallot et al. (Wed,) estudiaron esta cuestión.
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