Mejorando el diagnóstico genético en enfermedades mendelianas con secuenciación del transcriptoma

La secuenciación de exomas y de genomas completos se está convirtiendo en un enfoque cada vez más rutinario en el diagnóstico de enfermedades mendelianas. A pesar de su éxito, la tasa de diagnóstico actual para análisis genómicos en una variedad de enfermedades raras es de aproximadamente 25 a 50%. Examinamos la utilidad de la secuenciación del transcriptoma (RNA-seq) como una herramienta de diagnóstico complementaria en una cohorte de 50 pacientes con trastornos musculares raros de origen genético no diagnosticados. Describimos un enfoque integrado para analizar el RNA-seq muscular de los pacientes, aprovechando un marco de análisis centrado en la detección de cambios a nivel de transcrito que son únicos para el paciente en comparación con más de 180 muestras de control de músculo esquelético. Demostramos el poder de RNA-seq para validar mutaciones candidatas que interrumpen el empalme e identificar variantes que alteran el empalme en regiones exónicas y profundas intrónicas, lo que resulta en una tasa de diagnóstico general del 35%. También informamos sobre el descubrimiento de una mutación intrónica de novo altamente recurrente en COL6A1 que resulta en un evento de ganancia de empalme que actúa de manera dominante, interrumpiendo el motivo crítico de repetición de glicina del dominio helicoidal triple. Identificamos esta variante patogénica en un total de 27 pacientes genéticamente no resueltos en una cohorte externa de distrofia similar al colágeno VI, explicando así aproximadamente el 25% de los pacientes clínicamente sugerentes de tener distrofia de colágeno VI en quienes el análisis genético previo es negativo. En general, este estudio representa una gran aplicación sistemática de la secuenciación del transcriptoma en el diagnóstico de enfermedades raras y destaca su utilidad para la detección e interpretación de variantes no identificadas por los enfoques diagnósticos estándar actuales.