Sequenciamento total de RNA de célula única revela dinâmicas de splicing recursivo e RNAs potenciadores

O sequenciamento total de RNA tem sido usado para revelar a expressão de RNA poli(A) e não poli(A), processamento de RNA e atividade de potenciadores. Até o momento, nenhum método para sequenciamento total de RNA de comprimento completo de células únicas foi desenvolvido, apesar do potencial desta tecnologia para a biologia de células únicas. Aqui, descrevemos o sequenciamento por amplificação de deslocamento randômico (RamDA-seq), o primeiro método de sequenciamento total de RNA de comprimento completo para células únicas. Comparado a outros métodos, o RamDA-seq mostra alta sensibilidade a RNA não poli(A) e cobertura quase completa de transcritos de comprimento completo. Usando RamDA-seq com amostras de curso de tempo de diferenciação de células-tronco embrionárias de camundongo, revelamos centenas de transcritos não poli(A) regulados dinamicamente, incluindo transcritos de histona e RNA não codificante longo Neat1. Além disso, o RamDA-seq perfila splicing recursivo em introns de mais de 300 kb. O RamDA-seq também detecta RNAs potenciadores e sua atividade específica de tipo celular em células únicas. Juntas, demonstramos que o RamDA-seq poderia ajudar a investigar as dinâmicas da expressão gênica, eventos de processamento de RNA e regulação transcricional em células únicas.