Recursos de genômica comparativa do Ensembl

A evolução fornece a estrutura unificadora com a qual entender a biologia. A investigação coerente de dados genéticos e genômicos muitas vezes exige análises de genômica comparativa baseadas em alinhamentos de genoma completo, conjuntos de genes homólogos e outros conjuntos de dados relevantes para avaliar e responder a questões relacionadas à evolução. No entanto, a complexidade e os requisitos computacionais para produzir tais dados são substanciais: isso levou a um número reduzido de recursos de referência que são usados para a maioria das análises comparativas. Os recursos de genômica comparativa do Ensembl são um desses conjuntos de referência que facilitam a análise abrangente e reproduzível dos dados do genoma de cordados. O Ensembl calcula alinhamentos de genoma completo pareados e múltiplos a partir dos quais são obtidos scores de conservação em larga escala, por base, e elementos restritos. Os alinhamentos de genes são usados para definir Famílias de Proteínas do Ensembl, GeneTrees e homologias para genes codificadores de proteínas e RNAs não codificadores. Esses recursos são atualizados com frequência e têm uma infraestrutura de informática consistente e apresentação de dados em todas as espécies suportadas. Visualizações especializadas baseadas na web também estão disponíveis, incluindo exibições de sintecnia, gráficos de árvore genealógica colapsáveis, um localizador de famílias de genes e diferentes visualizações de alinhamento. A infraestrutura de genômica comparativa do Ensembl é amplamente reutilizada para a análise de espécies não-vertebradas por outros projetos, incluindo Genomas do Ensembl e Gramene, e muitas das informações aqui são relevantes para esses projetos. A consistência da anotação entre as espécies e o foco em vertebrados tornam o Ensembl um sistema ideal para realizar e apoiar análises genômicas comparativas de vertebrados. Usamos software e pipelines robustos para produzir dados comparativos de referência e torná-los disponíveis gratuitamente. URL do banco de dados: http://www.ensembl.org.