DGIdb 5.0: 精密医療および創薬プラットフォームのための薬剤-遺伝子相互作用データベースの再構築

薬剤-遺伝子相互作用データベース（DGIdb、https://dgidb.org）は、臨床医や研究者のための仮説生成と発見を促進するために、遺伝子または遺伝子産物、薬剤、薬剤-遺伝子相互作用記録を集約する公開アクセス可能なリソースです。DGIdb 5.0は最新のリリースであり、臨床および創薬パイプラインへの統合をサポートするために、かなりのアーキテクチャおよび機能の更新が含まれています。DGIdbのサービスアーキテクチャは、クライアントとサーバーアプリケーションに分割され、アプリケーションプログラミングインターフェース（API）とウェブインターフェースの両方のユーザーに一貫したデータアクセスを可能にします。新しいインターフェースはReactJSで開発され、動的な視覚化とユーザーインターフェース要素の表示の一貫性を含んでいます。すべての薬剤、遺伝子、注釈および関連データに対してカスタマイズ可能なクエリをサポートするためにGraphQL APIが追加されました。更新された文書は、ユーザーにこれらの新機能に関する具体的なクエリの例と使用手順を提供します。さらに、6つのソースが追加され、多くの既存のソースが更新されました。新たに追加されたソースにはChemIDplus、HemOnc、NCIt（国立癌研究所用語集）、Drugs@FDA、HGNC（HUGO遺伝子命名委員会）およびRxNormが含まれています。これらの新しいソースはDGIdbに組み込まれ、追加の記録を提供し、治療薬の規制承認ステータスの注釈を強化します。薬剤と遺伝子をグループ化するための方法が拡張され、インポート時に独立したモジュラーノーマライザーとして開発されました。これらのソースとグループ化方法の更新により、DGIdbにおけるFAIR（見つけやすさ、アクセス可能性、相互運用性、再利用性）データ表現が改善されました。”},{