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O transplante de microbiota fecal (TMF) é uma intervenção terapêutica para doenças inflamatórias do trato gastrointestinal, mas seu modo de ação clínica e as subsequentes dinâmicas do microbioma permanecem pouco compreendidos. Aqui analisamos metagenomas de 316 TMFs, amostrados antes e após a intervenção, para o tratamento de dez diferentes indicações de doenças. Quantificamos a dinâmica em nível de cepa de 1.089 espécies microbianas, complementadas por 47.548 genomas montados de metagenomas recém-construídos. A colonização de cepas doadoras e a resiliência de cepas receptoras foram em grande parte independentes dos desfechos clínicos, mas previsíveis com precisão usando modelos de regressão regularizados por LASSO que consideraram variáveis do hospedeiro, microbioma e procedimentos. Fatores do receptor e complementaridade doador-receptor, abrangendo comunidades microbianas inteiras até cepas individuais, foram os principais determinantes da dinâmica populacional de cepas, fornecendo insights sobre os processos subjacentes que moldam o microbioma intestinal pós-TMF. A aplicação de uma abordagem baseada em ecologia a nossos achados indicou parâmetros que podem informar o desenvolvimento de terapias microbioma mais eficazes e direcionadas no futuro, e sugeriu como a estratificação de pacientes pode ser usada para melhorar a colonização da microbiota doadora ou o deslocamento de micróbios receptores na prática clínica.
Schmidt et al. (2022) estudaram essa questão.